取得特定工廠登記之業者得依規定於121年3月19日前申請用地計畫，辦理土地及建築物合法化，最晚須於129年3月19日前取得一般工廠登記，完成工廠合法。

110年6月21日公告《特定工廠申請變更編定為特定目的事業用地審查辦法》，簡單來說，用地合法三步驟為：一、必須先取得特定工廠登記，二、需提出用地計畫，並完成建照、使照等申請，三、才能申請一般工廠登記。

領有特定工廠登記的業者，其工廠所在地屬於非都市土地，且申請計畫前3年內沒有因違反環保法規遭停工或停業、亦無違反工廠管理輔導法第28條之9第1項各款情形（如違規增、擴建），即初具用地變更資格。特定工廠業者最晚須於121年3月19日前提出用地計畫，就其工廠使用之土地，向地方政府申請核發特定工廠使用地證明書，繳交變更回饋金，辦理用地變更，於129年3月19日完成工廠登記，走向土地、建物合法化的最後一哩路。

過去在公告特區內的臨時登記工廠申請土地變更，就要求裝設屋頂型太陽光電設備，經濟部考量政策一致的延續性，用地審查辦法亦規定特定工廠業者，其廠房及附屬設施建築物（如倉庫、辦公室）應規劃設置屋頂型太陽光電設備，且裝置發電設備面積不低於屋頂水平投影面積之50%，以善盡環保與綠能的義務。

考量特定工廠結構態樣多元，經濟部亦設有排除條款，例如因饋線不足、日照不足、建物結構特殊等因素經臺灣電力股份有限公司或經濟部指定之太陽能產業公（協）會評估無法裝置之書面意見，經中央主管機關同意者，免予設置。

目前常見的設置方式為特定工廠業者出租屋頂，提供給太陽光電業者設置，換句話說，特定工廠業者不需要負擔成本費用，即可享有租金收入，經濟部也已經和能源局協商取得共識，特定工廠業者向能源主管機關申請同意備案，完成設置後可享有躉購費率。

經濟部發布了「經濟部協助特定工廠合法化融資貸款實施要點」，開放特定工廠申貸，未設擔保成數限制，最高可貸至8千萬，貸款年限最長15年，希望能夠減輕業者負擔。至於1.5公尺的隔離綠帶，若相鄰特定工廠者免留設，若隔離綠帶上如有建物，也爭取延緩至取得使用執照前一次拆除的緩拆機制，避免廠商多次拆廠，影響產能。